Priene, antiguamente una floreciente ciudad jonia y miembro de la Liga Jónica, fue establecida en el Monte Mycale. Inicialmente situada a lo largo de la costa marítima, con terrazas que descendían hacia el mar Egeo, desde entonces se ha retirado tierra adentro debido a siglos de cambios geográficos.
La ciudad fue fundada en el siglo XI a.C. por los jonios, y a pesar de su modesta población de 4,000 a 5,000 personas, Priene tenía poco peso político. Sin embargo, su importancia como centro religioso era indiscutible, albergando el santuario central de la Liga Jónica dentro de su territorio.
Originalmente ubicada en una península cerca de Mileto, presumiendo de dos puertos frente al mar, la ubicación exacta del primer asentamiento de Priene ahora se ha perdido en la historia. Cayó bajo el control lidio en el siglo VII a.C. El nacimiento de Bías, uno de los siete sabios y filósofo, en Priene marcó una edad de oro en el siglo VI a.C., que terminó con la conquista persa bajo el rey Ciro.
En el 350 a.C., el gobernador persa Mausolo inició planes para una gran ciudad nueva, que luego fueron continuados por Alejandro Magno después de que los macedonios tomaran la región de los persas. Alejandro patrocinó la construcción del Templo de Atenea, dedicándolo a sí mismo, mientras que ciudadanos acaudalados financiaron otros edificios públicos, llevando a un rápido desarrollo urbano. Las ruinas visibles hoy pertenecen a esta época, un testimonio del legado arquitectónico de Alejandro.
Para el siglo I a.C., Priene había perdido su acceso directo al mar, y para el 300 d.C., la región, con la excepción del Lago Bafa, se aisló del mar abierto, lo que provocó el abandono de la ciudad debido a su creciente lejanía de las rutas marítimas. Sin embargo, persistió un pueblo griego, llamado Samson, probablemente en referencia a la figura bíblica Sansón. Esta área permaneció bajo dominio bizantino hasta el siglo XIII, después de lo cual fue absorbida por el Imperio Otomano. Tras el intercambio de poblaciones entre Grecia y Turquía en 1924, los últimos residentes griegos se trasladaron a Grecia, dejando solo partes de su asentamiento para ser utilizadas por la población turca entrante.